Tindari fu fondata nel 396 a.C. da Dionisio di Siracusa, che vi stabilì seicento mercenari provenienti dal Peloponneso, con l’obiettivo di farne un avamposto militare a difesa dello Stretto e a contrasto dell’espansionismo cartaginese nel basso Tirreno. Ma la città si sviluppò ben oltre le funzioni militari per cui era stata concepita, raggiungendo in pochi anni - come attesta Diodoro - i cinquemila abitanti. Le attività commerciali, infatti, divennero presto preponderanti su quelle militari, determinando una fioritura economica e civile, testimoniata dalle numerose serie monetali coniate dalla città e da una intensa attività edilizia, di cui rimangono resti significativi.

Nella seconda metà del IV secolo a.C. svolse un ruolo di primo piano nelle vicende politiche dell’isola, sostenendo con uomini e denaro il grande progetto timoleonteo di restaurazione dell’egemonia siracusana nella Sicilia orientale, che le divisioni politiche interne e l’espansionismo cartaginese avevano messo in serio pericolo.

L’alleanza con Siracusa fu sempre il cardine della politica estera di Tindari, fino a quando la metropoli siceliota fu in grado di mantenere il ruolo di grande potenza. Nel 254 a.C., dopo una breve parentesi di occupazione cartaginese, Tindari passò dalla parte di Roma, che nel frattempo aveva sostituito Siracusa nel ruolo di potenza egemone nel Mediterraneo centrale. Per la sua fedeltà, i romani le concessero di far parte della Confederazione Ericina, una distinzione di cui potevano vantarsi 17 città in tutta la Sicilia, a cui venivano riconosciuti vincoli di parentela con i romani, risalenti alla comune ascendenza troiana. Fra il 43 e il 36 a.C. fu coinvolta nella guerra civile fra Ottaviano e Sesto Pompeo, divenendo la base operativa delle forze pompeiane. Dopo le devastazioni causate degli eventi bellici e le confische seguite alla sconfitta del partito pompeiano, nella città provata Ottaviano insediò nel 36 a.C. una colonia latina. Tindari cessava così di essere una città greca sotto il dominio romano, per diventare Colonia Augusta Tyndaritanorum, amministrata secondo il diritto romano e dotata di cittadinanza romana.

Sebbene sede di vescovado, la città continuò la sua lenta decadenza nei secoli della tarda antichità, per essere abbandonata completamente nella prima metà del secolo IX, negli anni della conquista araba della Sicilia.